สำหรับชื่อพระธาตุช่อแฮนั้น คำว่า "แฮ " สันนิษฐานว่าเพี้ยนมาจากคำว่า "แพร" หรือ "ผ้าแพร" ซึ่งเป็นความหมายเดียวกับชื่อของจังหวัดแพร่ ลักษณะขององค์พระธาตุเป็นเจดีย์ทรงแปดเหลี่ยม ย่อมุมไม้สิบสอง บุด้วยทองดอกบวบ สูง 33 เมตร ฐานสี่เหลี่ยมกว้างด้านละ 11 เมตร ศิลปะแบบเชียงแสน สร้างขึ้นในสมัยกรุงสุโขทัย ในราว พ.ศ.1879 - 1881 ในสมัยพระมหาธรรมราชา (ลิไท) ได้เสด็จมาบูรณปฏิสังขรณ์พระเจดีย์แห่งนี้และจากนั้นได้จัดงานสักการะ 7 วัน 7 คืน และในปี พ.ศ. 2467 ครูบาศรีวิชัย ได้มาเป็นประธานบูรณะปฏิสังขรณ์อีกครั้งหนึ่ง
ความเชื่อในเรื่องปีนักษัตรของชาวเหนือผูกพันกับคติการบูชาพระบรมธาตุ มีประเพณีชุธาตุหรือการไหว้พระประจำปีเกิด โดยเชื่อว่าครั้งหนึ่งในชีวิตควรมีโอกาสเดินทางไปไหว้พระธาตุประจำปีเกิดของ ตนเพื่อความเป็นสิริมงคล ซึ่งครูบาศรีวิชัยได้เกิดในปีขาลนี้เช่นกัน ก็ได้ทำการบูรณะพระธาตุช่อแฮ เชื่อกันว่าได้กลายเป็นแบบอย่างให้คนล้านนานิยมทำบุญตามพระธาตุปีเกิดของตน เองอย่างแพร่หลาย
ตำนานพระธาตุช่อแฮตามหนังสือตำนานพระเจ้าเลียบโลก กล่าวว่าสมัยครั้งพุทธกาล พระพุทธเจ้าได้เสด็จมา ณ ดอยโกสิยชัคคะบรรพตแห่งนี้ เมื่อขุนลัวะอ้ายก้อม เจ้าลาวทราบว่าเป็นพระพุทธเจ้าเสด็จมา ได้นำภัตตาหารมาถวาย ทรงพยากรณ์ว่าที่นี่ต่อไปจะมีเมืองชื่อเมืองแพร่ ในครั้งนั้นพระอรหันต์และพระยาอโศกที่เสด็จมาด้วยได้ทูลขอพระเกศาธาตุมอบให้ ขุนลัวะ ไปบรรจุในโกศแก้วแล้วนำไปไว้ในถ้ำด้านตะวันออกของดอยที่ประทับ และพระพุทธเจ้าทรงมีรับสั่งว่า หลังจากที่พระองค์ปรินิพพานแล้วให้นำพระธาตุข้อศอกข้างซ้ายมาประดิษฐานที่ นี่ ต่อมาขุนลัวะได้นำมาใส่ในท้องสิงห์ทองคำบรรจุไว้ในองค์พระเจดีย์พระธาตุช่อ แฮสืบมาสิ่งศักดิ์สิทธิ์และสิ่งสำคัญในพระธาตุช่อแฮ
